L’església de Santa Maria de Sils és esmentada l’any 1185 en una butlla del papa Luci III, inclosa en les possessions del monestir benedictí de Sant Salvador de Breda. Inicialment es tractava d’un temple, possiblement d’origen romànic, situat al centre d’un petit nucli de cases prop de l’estany. Al document Constitucions dels castells de l’any 1358, la parròquia de Sils consta com a part integrant del Vescomtat de Cabrera. L’edifici fou molt reformat al segle XVIII, amb estil arquitectònic barroc neoclàssic, però conserva una capella lateral gòtica, dedicada a Sant Llop, i una làpida del segle XIV al costat de la porta. El campanar va ser remodelat l’any 1907 per l’arquitecte gironí Rafael Masó.