Sant Pere Sestronques fou inicialment sufragània de l'església veïna de Sant Amanç i, més tard, passà a dependre de Sant Martí Sapresa. Els últims estudis arquitectònics de l'ermita apunten que la seva construcció degué situar-se en un moment indeterminat del segle X, per bé que diverses teories n’assenyalen l’origen en el segle IX (preromànic) a partir de la descoberta d’una finestra de ferradura, situada al parament nord, durant les obres de restauració de l’any 1994.