Sant Pere Sestronques fue inicialmente sufragánea de la iglesia vecina de Sant Amanç y, más tarde, pasó a depender de Sant Martí Sapresa. Los últimos estudios arquitectónicos de la ermita apuntan a que su construcción debió situarse en un momento indeterminado del siglo X, aunque algunas teorías señalan su origen en el siglo IX (prerrománico) a partir del descubrimiento de una ventana de herradura, situada en el paramento norte,
durante las obras de restauración de 1994.