Sant Pere Sestronques fut à l’origine un ermitage suffragant de l’église voisine de Sant Amanç. Il dépendit ensuite de Sant Martí Sapresa. Les études architecturales les plus récentes situent sa construction à une date indéterminée du Xe siècle. Certaines théories soutiennent toutefois que son origine remonterait au IXe siècle, à l’époque préromane, en raison de la découverte, lors des travaux de restauration de 1994, d’une fenêtre à arc outrepassé sur le mur nord.