Sant Pere Sestronques fut tout au début un ermitage suffragant de l’église voisine, Sant Amanç. Il dépendit ensuite de Sant Martí Sapresa. Les dernières recherches architecturales de l’ermitage signalent un moment indéterminé du Xe siècle pour sa construction. Certaines théories soutiennes, cependant, que son origine remonte au IXe siècle (pré-romane), à partir de la découverte d’une fenêtre en fer à cheval située sur le mur nord, mise à jour lors des travaux de restauration de 1 994.